Update bwa version (--> v2)

Informations de Maria (mail reçu le 21/10/2020):

"Bwa-mem2 permet de gagner du temps mais pour une conso mémoire largement supérieur (+40Go, d’où la résa de 50Go nécessaire au départ).

Mon micro cas d’utilisation (a entre 50 000 séquences et 1,7M, moyenne à 680 000 et médiane à 598 000) )n’est probablement pas suffisant pour évaluer les deux outils, les différences de temps de calcules vont entre -26 minutes et + 3 min, moyenne et mediane autour de – 8 minutes

Pour les index :

•      Bwa1 : 57 min, 3Go de RAM, 7G disk

•      Bwa2 : 30 min, 72Go de RAM, 75G disk"

bwa-mem duplicates treatment problem: create dummy contigs and fasta files with exact duplicates

• in reference multiple locations w/ 100% on one read (score = 0 for multimapped read)
• test with bwa-mem2